Penyakit autoimun mempunyai pelbagai kesan yang berbeza. Mereka cenderung mempunyai salah satu daripada tiga kesan patologi yang menonjolkannya sebagai penyakit autoimun:[8]

1. Kerosakan atau pemusnahan tisu
2. Pertumbuhan organ yang berubah
3. Fungsi organ yang diubah

Telah dianggarkan bahawa penyakit autoimun adalah antara punca utama kematian di kalangan wanita di Amerika Syarikat dalam semua kumpulan usia sehingga 65 tahun.[9]

Minoriti besar penduduk menderita penyakit-penyakit ini, yang sering kronik, melemahkan, dan mengancam nyawa.

Terdapat lebih daripada 80 penyakit yang disebabkan oleh autoimun.[10]